Нечай був незалежною людиною. З новим гетьманом, Богданом Хмельницьким, мав часті суперечки. З початком національно-визвольної війни брав участь у здобутті козаками Кодака, у битві під Жовтими Водами, у битві під Корсунем, здобув замок у Бродах. Організував Брацлавський полк. Потім став одним з соратників Максима Кривоноса, відзначився в боях на Вінниччині, під Меджибожем. Як брацлавський полковник брав участь у битві під Старокостянтиновом, битві під Пилявцями, в облозі Львова та Замостя. Після повернення до Києва з волі Б. Хмельницького Нечай командував київським гарнізоном, вів переговори з дипломатами Речі Посполитої у Києві.